อุทยานแห่งชาติหมู่เกาะเภตรา ประกอบไปด้วยพื้นท้ำทะเล เกาะและภูเขา พื้นที่ราบบริเวณหุบเขาและพื้นที่ราบชายฝั่งทะเล โดยพื้นที่ชายฝั่งทะเลและบริเวณใกล้เคียงโดยรอบในระยะ 3 กม. มีลักษณะเป็นที่ราบถึงลูกคลื่นดอนลาดโดยจะมีภูเขาและหย่อมภูเขาปรากฏอยู่เป็นหัวแหลมตามขอบชายฝั่ง พื้นที่ชายฝั่งทะเลประกอบด้วยชายฝั่งหิน หน้าผา ที่ราบและสันทรายชายหาด ส่วนพื้นที่ในทะเลประกอบด้วยเกาะที่มีขนาดแตกต่างกันประมาณ 22 เกาะ โดยที่ทำการอุทยาน มีจุดไฮไลท์ คือ"เขตข้ามกาลเวลา"ซึ่งมีการพบรอยสัมผัสของหินทั้ง 2 ยุค คือ หินทรายสีแดงยุคแคมเบรียน และ หินปูนยุคออร์โดวิเชียนเกิดจากรอยเลื่อนของเปลือกโลก นักท่องเที่ยวมาบริเวณแห่งนี้เปรียบเสมือนเราสามารถข้ามผ่านกาลเวลาจากยุคแคมเบรียนไปสู่ยุคออร์โด วิเชียนได้เพียงแค่ก้าวเดียวเท่านั้น