ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดกาญจนบุรี มีหน้าที่ ศึกษา ค้นคว้า ทดสอบ วิจัยและพัฒนาเทคโนโลยีการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำจืดและทรัพยากรประมงน้ำจืด โดยเน้นงานวิจัยที่เชื่อมโยงกับสถาบันต่าง ๆ ของสำนักวิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืด กรมประมง เพื่อนำเทคโนโลยีมาทดสอบขยายผล ภายใต้ข้อจำกัดของสภาพพื้นที่จริง วิจัยการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำจืดที่มีความสำคัญทางเศรษฐกิจ และพันธุ์สัตว์น้ำหายากหรือใกล้สูญพันธุ์ของท้องถิ่นเพื่อการอนุรักษ์ และการวิจัยพื้นฐานที่จำเป็นเพื่อพัฒนาให้เป็นสัตว์น้ำเศรษฐกิจ วิจัยและวิเคราะห์ข้อมูลชีววิทยาแหล่งน้ำ ทรัพยากรประมง และสังคม เศรษฐกิจชาวประมง เพื่อประเมินสถานภาพ แนวโน้มของการประมงในแหล่งน้ำ และนำมาเป็นแนวทางในการบริหารจัดการทรัพยากรประมงในแหล่งน้ำ ติดตาม เฝ้าระวัง การเปลี่ยนแปลงของทรัพยากรประมงในแหล่งน้ำเพื่อการใช้ประโยชน์อย่างยั่งยืน ตรวจสอบ ติดตามและรับรองฟาร์มเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ ผลิตและขยายพันธุ์สัตว์และพืชน้ำจืดที่ได้รับการปรับปรุงพันธุ์ ที่หายากและใกล้สูญพันธุ์ ผลิตและปล่อยพันธุ์สัตว์น้ำโดยเน้นชนิดพันธุ์ที่เหมาะสมกับแหล่งน้ำเพื่อ เพิ่มผลผลิตประมงและดำรงความอุดมสมบูรณ์ในแหล่งน้ำ อนุรักษ์พันธุ์สัตว์น้ำและรักษาความหลากหลายทางชีวภาพในแหล่งน้ำ ให้บริการทางวิชาการและถ่ายทอดเทคโนโลยีการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ และให้การสนับสนุนทางวิชาการกับหน่วยงานส่วนภูมิภาคในเรื่องการกำกับ ดูแลด้านการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำและทำการประมง สัตว์น้ำที่สำคัญที่ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดกาญจนบุรี ได้ศึกษาทั้งในแง่เศรษฐกิจและอนุรักษ์ได้้แก่ ตะพาบม่านลาย หอยมุกน้ำจืด ปลายี่สก ปลากดคัง ปลาหมอช้างเหยียบ ปลากดเหลือง เป็นต้น