วัดพระบาทน้ำพุมีสิ่งสำคัญในวัดได้แก่ รอยพระพุทธบาทถูกครอบอยู่ภายใต้มณฑปโดยอยู่ห่างจากอาคารสำนักงานมูลนิธิธรรมรักษ์ประมาณ 150 เมตร โครงการธรรมรักษ์นิเวศน์ที่ฟักฟื้นและรักษาสำหรับผู้ป่วยโรคเอดส์ระยะสุดท้ายที่อาจจะกล่าวได้ว่ามีขนาดใหญ่ที่สุดในโลก [1] ในอุโบสถมีพระประธานขนาดพระเพลากว้าง 20 เมตร ยาว 40 เมตร พร้อมด้วยพระอัครสาวก นอกจากนี้ในถ้ำบนเขาที่อยู่ในวัดภายในมีหลวงพ่อดำ ปางมารวิชัยสมัยอยุธยา และพระโพธิสัตว์ 9 องค์ส่วนบนยอดภูเขาพระอุทัย อโนโม สร้างหลวงพ่อขาวขึ้นเมื่อพ.ศ. 2523