มีพระวิหารเก่าแก่ฝีมือช่างเชียงตุงเป็นศิลปะแบบล้านนาไทย ประดับลวดลายงดงามทั้งหลัง โดยเฉพาะส่วนหน้าบัน และซุ้มประตูที่มีการก่ออิฐถือปูนประดับรูปสัตว์ศิลปะล้านนาแท้ ภายในวิหารนอกจากจะมีพระประธานแล้วยังมีรูปปั้นพระมหาเกสระปัญโญภิกขุ ขนาดเท่าตัวจริงซึ่งปั้นด้วยฝีมือของท่านเอง พระเจดีย์ของวัดไหล่หินก่อสร้างแบบศิลปะล้านนา ที่บรรจุพระบรมสารีริกธาตุของสมเด็จพระสัมมาสัมพุทธเจ้า คันทวยที่โรงธรรมเป็นแบบล้านนา คือเป็นรูปคล้ายแผ่นไม้สามเหลี่ยมขนาดใหญ่แล้วฉลุลายให้โปร่งลอยตัวเป็นรูปต่าง ๆ กันออกไป เช่น รูปนาค รูปหนุมาน รูปลายเครือเถา หอพิพิธภัณฑ์โบราณล้านนาวัดไหล่หิน เป็นที่เก็บหอพระแก้ว ซุ้มพระพิมพ์ อาวุธโบราณ และที่โรงธรรมมีใบลานเก่าแก่ของล้านนาไทยมีอายุเกินกว่า 500ปี จาร (การใช้เหล็กแหลมเขียน) เป็นภาษาบาลีด้วยอักษรไตเหนือ