การดำเนินงานของศูนย์พัฒนาโครงการหลวงสะโง๊ะเริ่มต้นในรูปของงานอาสาพัฒนาชาวเขาตามพระราชดำริของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวทรงมีพระราชดำรัสให้หน่วยงานที่เกี่ยวข้องเข้ามาดูแลช่วยเหลือชาวบ้านดอยสะโง๊ะให้มากขึ้นชาวเขาเผ่าอาข่าไทลื้อและคนพื้นเมือง เมื่อปี พ.ศ. 2521 พระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร เสด็จพระราชดำเนินไปทรงเยี่ยมราษฎรในพื้นที่และมีพระราชดำรัสให้หน่วยงานต่าง ๆ ร่วมช่วยเหลือชาวบ้านดอยสะโงะ ปี พ.ศ. 2522 ศูนย์พัฒนาโครงการหลวงสะโงะจึงก่อตั้งขึ้นอย่างเป็นทางการในรูปแบบงานอาสาพัฒนาชาวเขา โดยความร่วมมือของมูลนิธิโครงการหลวงและมหาวิทยาลัยแม่โจ้ ปัจจุบันศูนย์พัฒนาโครงการหลวงสะโงะ มุ่งพัฒนาและส่งเสริมอาชีพเกษตรกรในการเพาะปลูกพืชผักภายใต้ระบบมาตรฐานอาหารปลอดภัย ได้แก่ ระบบการเพาะปลูกที่ดี (GAP) อีกทั้งยังส่งเสริมการปลูกพืชสมุนไพรเพื่อนำมาอบแห้ง สามารถสร้างรายได้ที่มั่นคงและความเป็นอยู่ที่ดีขึ้นแก่เกษตรกร รวมทั้งสนับสนุนกระบวนการเสริมสร้างความเข้มแข็งของชุมชน สามารถพึ่งพาตนเองได้อย่างยั่งยืน ส่งเสริมการปลูกป่าชาวบ้านตามแนวพระราชดำริป่า 3 อย่าง ประโยชน์ 4 อย่าง การผลิตปุ๋ยอินทรีย์ปุ๋ยพืชสดและปุ๋ยน้ำชีวภาพเพื่อฟื้นฟูความอุดมสมบูรณ์ของดิน ตลอดจนเป็นศูนย์เรียนรู้ด้านการเกษตรที่สูงแก่นักเรียนนักศึกษา เกษตรกร และผู้สนใจทั่วไป