พระธาตุหนองจันทร์ จะมีใครเป็นผู้สร้างเป็นเจดีย์ครั้งแรกไม่มีบ่งไว้ในตำนานเป็นหลักฐานแน่ชัด เพียงแต่สันนิษฐานกันว่าบูรณะเสริมสร้างขึ้นในสมัยขอมเรืองอำนาจเพราะมีฝีมือเงี้ยวปรากฏอยู่ต่อมาประมาณ พ.ศ. ๒๔๔๕ ครูบาภิจัย (ภิชัย) เจ้าอาวาสวัดกลาง อ.สอง ได้บูรณะขึ้นซึ่งรูปเดิมมีปรากฏอยู่คล้ายจอมปลวกใหญ่ ๆ เท่านั้น ต่อจากนั้นประมาณ พ.ศ. ๒๔๘๒ ท่านเจ้าคุณพระญาณสิทธิสุนทร (ชมภู กาละวงศ์) อดีตเจ้าคณะอำเภอสอง วัดเทพสุนทรินทร์ ได้เป็นหัวหน้าบูรณะก่อสร้างให้สูงขึ้นโดยทำพิธียกยอดพระธาตุและซ่อมแซมใหม่ เนื่องจากมีวาตภัย ลมแรงมาพัดพังทลายเสียหาย ฐานกว้างประมาณ ๑๒ ศอก สูงประมาณ ๒๐ ศอก สร้างวิหารติดด้านเหนือพระธาตุอีกหลัง กว้างประมาณ ๒๔ ศอก ยาวประมาณ ๓๐ ศอก จัดให้มีงานประจำปีมาแต่ดั้งเดิมคือ เดือน ๕ เพ็ญ ๓ ใต้ของทุก ๆ ปี ต่อมาเมื่อปี พ.ศ. ๒๕๐๙ ท่านพระครูสุวรรณธรรมกร อดีตเจ้าคณะอำเภอสอง วัดเทพสุนทรินทร์ ได้เป็นประธานก่อกำแพง ๔ ด้าน รอบพระธาตุเรียบร้อย จนถึง พ.ศ. ๒๕๒๑ พระอาจารย์มานพ ติกฺขวีโร ได้บูรณะต่อมีหุ้มองค์พระธาตุด้วยทองเหลือง สร้างถนนกคอนกรีตรอบพระธาตุ สร้างกฏิ ศาลาการเปรียญและกำลังสร้างพระเจ้า ๙ วา ๓ ศอก อยู่ในขณะนี้ด้วย วัดพระธาตุหนองจันทร์ เป็นปูชนียสถานที่สำคัญแห่งหนึ่งในอำเภอสองเป็นคู่กับพระธาตุพระลอ ตั้งอยู่ตำบลห้วยหม้าย ทางทิศตะวันตกของฝั่งแม่น้ำยมห่างจากที่ว่าการอำเภอสองประมาณ ๑๒ กิโลเมตร ห่างจากถนนสายสอง – งาว ทิศตะวันตกบ้านลูนิเกต ไปประมาณ ๓ กิโลเมตร