วัดนี้มีชื่อเดิมคือวัดทะเลน้อย ที่ทะเลน้อยนี้เองเป็นที่ๆกองทัพของสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชเสด็จผ่านเพื่อนำทหารไปตีเมืองจันทบุรี และได้หยุดพักที่บ้านทะเลน้อยนี้ ชื่อของวัดราชบัลลังก์ มาจากบัลลังก์ที่ประทับซึ่งได้รับพระราชทานจากพระเจ้าตากสินนั่นเอง ต่อมาได้