วัดคลองมะดันเป็นวัดโบราณไม่ปรากฏหลักฐานผู้สร้างอยู่กลางทุ่งนา ในสมัยก่อนมีลำคลองผ่านหน้าวัดและมีต้นมะดันขึ้นอยู่ชุกชุมมาก ชาวบ้านจึงตั้งชื่อว่าวัดคลองมะดัน แม้ว่าภายหลังได้มีการเปลี่ยนชื่อเป็นวัดอัมพวันแต่ชาวบ้านและคนใน จ.สุพรรณบุรี ทั่วๆไปยังนิยมเรียกชื่อเก่าว่า วัดคลองมะดัน เหมือนเดิม เจ้าอาวาสองค์ที่มีชื่อเสียงคือ หลวงพ่อโหน่งซึ่งเป็นพระเกจิอาจารย์ที่มีชื่อเสียง ดำเนินชีวิตอย่างสมถะ นอกจากนี้ท่านยังเป็นสหายธรรมกับหลวงพ่อเนียมวัดน้อยและเป็นอาจารย์ของหลวงพ่อปานวัดบางนมโคด้วย